この墜落、誰のせいですか？

この墜落、誰のせいですか？=死亡した当時４１歳の機長と機長を補佐する立場の当時３８歳の副操縦士

操縦士のせいですか？=操縦士だけでなく、2人です。2人=死亡した当時４１歳の機長と機長を補佐する立場の当時３８歳の副操縦士。

操縦士は死亡しましたので、どうやって業務上過失致死などの疑いで高松地方検察庁に書類送検しましたか？=1人目(死亡)、2人目(生きている)の2人を書類送検。1人目は死んでいるので、書類送検しても何にもなりません。

怠けることで、海上保安庁の責任ですか？=海上保安庁ではなく、事故を起こした2人の責任、となっています。

高度を上げるなどして進路前方の安全を確認しながら飛行すべきだったのはだれのせきにんですか？=死亡した当時４１歳の機長と機長を補佐する立場の当時３８歳の副操縦士

操縦士、副操縦士も含め、５人全員死亡しましたのに、なぜ業務上過失致死などの疑いで高松地方検察庁に書類送検するのですか？

法律については疎いのですが、警察は、責任は、死亡した操縦士と、死亡した副操縦士に責任があると思い、検察庁に書類送検します。これは、そのような事件があったことを検察に通知する義務があると判断したからでしょう。うやむやにしない、ということでしょう。
けれども、検察庁は、「本人死亡のため、不起訴」という判断になるのではないでしょうか。

ですから、責任は、死亡した操縦士と、死亡した副操縦士にあるという疑いは残りますが、白か黒かは（すくなくとも刑事事件としては）判断されないことになると思います。

けれども、残りの３人の遺族が、責任があると思われる２人の遺族に対して、民事事件として裁判を起こして賠償金をもらう、ということは今後想定されるのではないでしょうか。

（まったくの素人の、個人的見解です。）

操縦士は死亡しましたので、どうやって業務上過失致死などの疑いで高松地方検察庁に書類送検しましたか？

日本の法律（刑事訴訟法第246条）ではそういうふうに決まっているからです。
警察や海上保安庁が捜査したときは検察に知らせる決まりになってます。